蛋白质设施是国家“十一五”重大科技基础设施项目，是世界上生命科学领域首个综合性大型科学设备。该蛋白质设施于2008年经国家发展和改革委员会批准，建设任务由中国科学院上海生物科学研究所承担。2014年建成并试运行，2015年经国家验收正式投入运营，总投资7.56亿元。
主要蛋白质设施位于张江科学城，分为海科路公园和“五线六站”位于上海同步辐射光源。在“上海光源”同步辐射装置的支持下，蛋白质设备由大型蛋白质制备系统、晶体结构分析系统、核磁共振系统、电子显微镜系统等9个系统组成，形成了功能齐全的先进蛋白质研究设备系统。在分析精度、检测限和吞吐量方面取得重大突破。
蛋白质作为生命活动的载体，在科学界的研究已接近原子水平。该蛋白质设备拥有国内唯一的900米核磁共振系统和国内第一个带球差校正器的低温电子显微镜系统。“与其他平台相比，他们可能会优先考虑服务自己，但作为一个主要的国家设施，所有设施的仪器都免费向国内科研用户开放。”
据彭超介绍，截至2020年底，蛋白质设施已为大约67.5万个小时的用户服务。设备用户已覆盖全国23个省市，在美国、英国、西班牙、法国、日本等国家有369家用户单位。到2020年底,蛋白质设施用户和操作和维护技术团队取得了一系列重要的科学研究结果,和1520 SCI论文发表,包括770篇论文在第一个区,和506篇论文的影响因子> 10,包括那些在“自然”,68篇论文已发表在“科学”和“细胞”。
